વાય-પ્રકારનાં મોલેક્યુલર ચાળણીમાં હીરાની જેમ નજીકથી ભરેલી ષટ્કોણ માળખું હોય છે. જો બીટા પાંજરામાં હીરાના કાર્બન અણુ ગાંઠોને બદલવા માટે સ્ટ્રક્ચરલ યુનિટ તરીકે ઉપયોગ કરવામાં આવે છે, અને બે અડીને બીટા પાંજરા ષટ્કોણ ક column લમર પાંજરા સાથે જોડાયેલા છે, એટલે કે, પાંચ બીટા પાંજરામાં ચાર ષટ્કોણ ક column લમર પાંજરા સાથે જોડાયેલા છે, જેમાંથી એક બીટા કેજ કેન્દ્રમાં સ્થિત છે અને બાકીના ચાર બીટ કેજ પર સ્થિત છે, જે ટાઇટલ વેસ્ટરલ છે. ક્રિસ્ટલ સ્ટ્રક્ચર રચાય છે. આ રચના સાથે લિંક કરવાનું ચાલુ રાખીને, વાય-પ્રકારનાં પરમાણુ ચાળણીનું માળખું પ્રાપ્ત થાય છે. આ બંધારણમાં, β પાંજરા દ્વારા રચાયેલ વિશાળ પાંજરા અને ષટ્કોણ ક column લમર પાંજરામાં આઠ-બાજુ ઝિઓલાઇટ પાંજરા છે, અને તેમના એકબીજા સાથે જોડાયેલા વિંડો છિદ્રો બાર દ્વિસંગી રિંગ્સ છે, જેનું સરેરાશ અસરકારક છિદ્ર કદ 0.74 એનએમ છે, જે વાય-પ્રકારનાં પરમાણુ સીવનું છિદ્ર કદ છે. એક્સ પ્રકારનાં મોલેક્યુલર ચાળણી અને વાય પ્રકાર મોલેક્યુલર ચાળણીનું માળખું બરાબર સમાન છે, પરંતુ વાય પ્રકાર મોલેક્યુલર ચાળણી સિલિકા એલ્યુમિનિયમ રેશિયો વધારે છે, હાઇડ્રોથર્મલ સ્થિરતા મજબૂત છે, તેથી તેનો વધુ વ્યાપકપણે ઉપયોગ થાય છે.
